Depuis le 2 janvier 1993, le nouveau décret portant réorganisation de l'INSP a été promulgué faisant de l'INSP un établissement public à caractère administratif, doté de la personnalité morale de l'autonomie financière, placé sous la tutelle du Ministère de la Santé et ayant pour objet de réaliser des travaux d'étude et de recherche en santé publique permettant de fournirau ministère de tutelle, les instruments scientifiques et techniques nécessaires au développement des programmes d'action sanitaire et de promotion de la santé publique et à leur coordination intra et intersectorielle

En matière d'information et de communication sociale, l'institut est chargé :
recueillir, traiter et diffuser toute information utile sur la population, son environnement, et ses problèmes de santé
mettre en place un dispositif de surveillance épidémiologique, et veiller à son évaluation régulière et permanente
entreprendre des études sur les coûts de santé
constituer une banque de données et d'archives en matière de santé et veiller à sa mise à jour,
promouvoir la communication sociale en matière de santé, notamment à l'attention de la population et des professionnels de la santé

En matière de lutte contre la maladie et en relation avec les secteurs concernés, l'Institut est chargé de :
proposer des programmes de lutte et de prévention se rapportant aux maladies prévalentes dans le pays
procéder au suivi technique et à l'évaluation de ces programmes

En matière de protection et de promotion de la Santé et en relation avec les secteurs concernés, l'Institut contribue à :
identifier les besoins et les problèmes de santé des différentes catégories de la population
élaborer des modèles de prise en charge des populations à risque
identifier les problèmes de santé physique et mentale de la jeunesse
proposer des actions en vue de la protection et de la promotion de l'hygiène du milieu et de l'environnement

En matière d'activité de laboratoire, l'Institut est chargé :
d'assurer un soutien technique aux programmes de lutte contre les maladies, ainsi qu'au contrôle des eaux, des aliments, des médicaments et des substances toxiques
de fournir une assistance technique aux différents laboratoires de santé
de développer le contrôle scientifique et technique du médicament en collaboration avec le laboratoire national de contrôle des produits pharmaceutiques

En matière de formation et de recherche en santé publique, notamment pour les besoins des programmes de sante, l'Institut est chargé :
d'organiser des séminaires et ateliers de recyclages et de perfectionnement
de contribuer à la formation des différentes catégories de professionnels de la santé
d'initier des programmes de recherche en santé publique
de participer à la recherche scientifiqueen relation avec les différentes institutions nationales et internationales, traitant des problèmes de santé publique
de promouvoir et assurer la publication des travaux de recherche en santé publique et d'éducation concernant les problèmes de santé

L'Institut est habilité à offrir des prestations en matière de formation, notamment par l'organisation de cycles de formation.

Organigramme et classement de l'INSP

A l'échelon Central :

L'arrêté interministeriel portant organisation administrative de l'Institut National de Santé Publique du 2 janvier 1996, stipule que l'organisation interne de l'Institut National de Santé Publique comprend des départements administratifs (02), des départements scientifiques (05), des annexes dénommées Observatoires Régionaux de la Santé (05), placé sous l'autorité du Directeur Général, assisté d'un Secrétaire Général.

Les département scientifiques sont :
Le département de l'information sanitaire
Le département du contrôle des maladies
Le département de la protection et de la promotion de la santé
Le département de la méthodologie
Le département de soutien technique

Le département de l'Information Sanitaire :

Son rôle essentiel est l'étude de santé de la population. A cet effet, il a pour mission de recueillir, traiter et diffuser des données obtenues à partir des rapports d'activités, des déclarations des structures de santé ou à la suite d'enquêtes épidémiologiques. Il constitue le véritable tableau de bord du ministère en lui indiquant les problèmes de santé prévalents dans le pays, leur répartition à travers le territoire national et les catégories de populations affectées.
Le département a pour tâche d'élaborer avec les concernés, les supports d'information, d'en proposer les circuits, d'assurer la retro-information et d'évaluer le système d'information.

Le département Contrôle des Maladies :

Il élabore et développe en relation avec les services concernés et les Comités Médicaux Nationaux, les programmes de lutte et de prévention contre les maladies et évalue leur éfficacité. Il étudie les stratégies de prévention et de lutte utilisées et leur adaptation à notre pays à partir d'évaluation sur le terrain (acceptabilité par la population et les professionnels de la santé, meilleur avantage coût efficacité). Ceci concerne les maladies transmissibles, les maladies non transmissibles, les accidents, mais aussi les phénomènes émergents nouveaux.

Le département Protection et promotion de la santé :

Il a pour mission de développer l'information du public sur les moyens de préserver sa santé. Il initie en relation avec les services concernés les recommendations concernant les conditions d'alimentation, d'habitat, et d'environnement en général pour la préservation et la promotion de la santé de la population. Il étudie les facteurs ayant un impact sur la santé des populations, et il élabore des programmes de communication.

Le département de Méthodologie :

Il est chargé d'entreprendre et de réaliser les études et travaux concernant la recherche en santé publique dans tous les aspects, et ce en relation avec les concernés. En outre, il est chargé de développer l'outil méthodologique, l'initiation à la recherche et intervient dans l'aide à la planification sanitaire.

A l'échelon Régional : "L'observatoire Régional de la Santé (ORS)"

Ils sont au nombre de cinq (05), Alger, Oran, Constantine, Béchar, et Ouargla. Les ORS sont des annexes de l'INSP, telles que définies dans l'arrêté n°83/MSP/MIN/95. Les missions des ORS découlent des missions de l'INSP, telles que définies dans le décret exécutif n°93-05 du 2 janvier 1993, lesquelles missions doivent être adaptées à la situation de la région sanitaire :
En matière d'information sanitaire et de protection de la santé
En matière de lutte contre la maladie
En matière de protection et de promotion de la santé
En matière de formation et de recherche en santé publique.

Par ailleurs, l'INSP abrite :
- Les Comités Médicaux Nationaux dont il assure le Secrétariat Permanent
- Le Bureau de Liaison de l'OMS.